Είστε ένας πρώην κλέφτης-εκπαιδευτών της ομάδος Dark, αφού λιποτακτήσατε βλέποντας τα απάνθρωπα πειράματα που γίνονταν στα ανήμπορα pokemon με αποτέλεσμα να γίνονται πολεμικές μηχανές χωρίς κανένα συναίσθημα. Αναλαμβάνεται λοιπόν να σωσετε αυτά τα πλάσματα με την βοήθεια της συνεργάτιδά σας που μπορεί και βλέπει τα shadow pokemon.